Неверное начисление налогов с материальной выгоды и др. Ошибки, которые связаны с предоставлением вычетов; Неправильный расчет налогов с вознаграждений работникам, с которыми заключены договоры гражданско-правового характера; Типичные ошибки при расчете зарплаты, командировочных и больничных:

Следовательно, если организация заключила с работником трудовой договор, налог на доходы физических лиц нужно удерживать только при окончательном расчете с работником по итогам каждого месяца, за который был начислен доход. Сумма заработной платы, выданная авансом за первую половину месяца, этим налогом не облагается (письма Управления ФНС России по г. Москве от 29.04.2008 21-11/041841^, от 06.07.2005 18-11/3/47804, Минфина России от 17.07.2008 03-04-06-01/214, от 16.07.2008 03-04-06-01/209). Если же с работником был заключен договор гражданско-правового характера, то выплаты по нему нельзя назвать оплатой труда, а значит, доходы физических лиц по этим договорам признаются не в конце месяца, а по мере выплаты денежных средств. Таким образом, с каждой выплаты физическому лицу дохода по гражданско-правовому договору организация должна удержать НДФЛ. При этом не имеет значения, когда была произведена выплата в начале, в середине или в конце месяца. Сумму удержанного НДФЛ необходимо перечислить в бюджет не позднее того дня, когда организация: получила в банке деньги для выплаты работникам заработной платы и доходов по гражданско-правовым договорам; перечислила заработную плату на личные банковские счета работников. 11.5 ...»